Trong thế giới, tồn tại những sinh vật kỳ lạ, họ là những con vật có quyền ban 1 điều ước cho các cô gái, đổi lại, sau khi điều ước thành sự thật, các cô gái phải trở thành 1 puella magi với khả năng sử dụng phép thuật để chiến đấu chống lại phù thủy (những sinh vật chịu trách nhiệm gây ra cái chết và tự tử cho nhân loại). Trong thành phố mitakihara, Kyubey là hiện thân của những người ban điều ước đã tiếp cận madoka và sayaka với mục đích biến họ thành những puella magi, tuy nhiên Akemi homura (1 puella magi khác) lại ra sức ngăn cản họ trở thành puella magi trong khi kyubey đã xác nhận rằng: “Madoka, cậu sẽ trở thành puella magi mạnh nhất” … Liệu madoka có thể trở thành Puella magi ? Chỉ có chúa mới biết đc .
