Câu truyện bắt đầu vào năm 2020, ba năm sau sự kiện của Hack GU. Tokio Kuryuu là 1 học sinh trung học và chơi game Hack. tuy nhiên sự việc không đơn giản khi mà có sự xuất hiện của Saika Amagi, một cô gái bí ẩn, tuy nhiên trước đó Tokio đã 1 lần lạc vào The Worl R: X. và chứng kiến toàn bộ các nhân vật chính của phiên bản trước đó đã bị hóa đá, và vài sự kiện nho nhỏ mà rái hem muốn nhắc vì nhắc thì mất vui. và ngay sau đó thì Saika Amagi ở thế giới thực đã sử dụng 1 Black Card đặc biệt và đẩy Tokio Kuryuu vào The World.... và bằng sự bắt ép của mình Saika Amagi đã bắt Tokio Kuryuu quay lại thời điểm the World R :1 nhằm ngăn cản và cứu mọi người khỏi các sự kiện mà họ sẽ đối mặt trong tương lai.
